El río Beni es un destacado río boliviano de la cuenca amazónica, el segundo en importancia fluvial. Tras recoger las aguas de numerosos afluentes, al unirse con el río Mamoré da lugar al nacimiento del importante río Madeira.El río Beni nace en los Andes de la confluencia de los ríos Alto Beni y Kaka en las proximidades de Puerto Pando, recorriendo desde este punto hasta su desembocadura en el río Madeira unos 1.178 km. de longitud, aunque ésta varia ya que es un rio con muchos meandros. La profundidad máxima del río es de 21,3 metros aguas abajo de Rurrenabaque, siendo la profundidad promedio de 9 metros. El ancho máximo es de 1.069 metros en las proximidades de Rurrenabaque, siendo su ancho promedio de 400 metros.

El río Madre de Dios es un largo río que pertenece a la cuenca del Amazonas, un afluente del río Beni. Tiene una longitud aproximada de 1.150 km y es un río internacional, ya que discurre por la parte sudeste del Perú (655 km por la región de Madre de Dios) y noroeste de Bolivia. Drena una cuenca de más de 100 000 km².Se encuentra en una zona muy húmeda de la Amazonía subandina, la Amazonía peruana, lo que explica su alto caudal. Tiene una muy buena navegabilidad, siendo navegable desde Puerto Maldonado hasta su confluencia con el Beni.

El río Negro (en Colombia, río Guainía) es un largo río amazónico, el más caudaloso de todos los afluentes del río Amazonas y el más largo por su margen izquierda y también el mayor río de aguas negras del mundo. Tiene sus fuentes a lo largo de la divisoria de aguas entre la cuenca del Amazonas y la del río Orinoco y conecta con ésta a través del canal de Casiquiare. Su curso alto nace en Colombia, donde se le conoce como el rio Guainia.

El río Uraricoera es un largo río amazónico brasileño, el principal afluente por la margen occidental del río Branco, que discurre íntegramente por el estado de Roraima. Tiene una longitud de 870 km, y forma parte del sistema fluvial rio Branco-Uraricoera,de 1.430 km. El río Uraricoera nace en el extremo noroccidental del estado de Roraima, casi en la frontera con Venezuela. Discurre en dirección este, en un recorrido paralelo al del río Mucajaí, recogiendo todas las aguas de la vertiente meridional de la sierra Paracaima, en un tramo que en línea recta comprende unos 500 km.

El río Branco (en español, «río Blanco») es un río amazónico brasileño, el principal afluente por la margen septentrional del río Negro, que discurre íntegramente por el estado de Roraima. Tiene una longitud de 560 km, aunque con una de sus fuentes, el rio Uraricoera, alcanza los 1.430 km. El río Branco nace en la parte norte del estado de Roraima, en las estribaciones de la sierra de Paracaima, que forma la frontera entre Brasil y la Guyana y Venezuela. El río nace por la confluencia del río Uraricoera (870 km) y el río Tacutu (con sus afluentes Cotingo y Surumu), 30 km al norte de Boa Vista, la capital del estado.

El río Vaupés (rio Uaupés) es un largo río amazónico, uno de los principales afluentes del río Negro, a su vez el afluente más caudaloso del río Amazonas. El río discurre por Colombia en los departamentos de Guaviare y Vaupés y por Brasil en el estado de Amazonas. Tiene una longitud total de 1.050 km.El río Vaupés nace en el departamento de Guaviare, al oeste de la localidad de Calamar en la confluencia del río Itilla y el río Unilla. Discurre en dirección este, bañando las localidades de Miraflores, Puerto Silvania, Santa Rosa, Tucuña, Mitú (la capital del departamento de Vaupés) y, tras recibir al río Cuquiari por la derecha, Querani, ya en la frontera con Brasil, donde recibe al río del mismo nombre, río Querari.

El río Purus es un gran río localizado en Peru, uno de los principales afluentes del río Amazonas. Es un río muy sinuoso, con agua blanca y exuberante naturaleza. Es el último gran afluente de la margen derecha del río Solimões (nombre dado solamente en Brasil al Río Amazonas antes de la reunión con el río Negro). Debido a su alta riqueza de especies y su alta productividad, está sufriendo una gran explotación humana: pesca caza tala y agricultura. Su longitud total es de unos 2.960 km, su cuenca hidrográfica de 63.166 km² y su caudal medio de 8.400 m³/s.

El río Acre o Aquiry es un río amazónico internacional, cuyo curso discurre formando frontera primero entre el Perú y Brasil, luego entre Bolivia y Brasil, y adentrándose luego en este último país donde tiene su mayor recorrido. Es un afluente del rio Purús. tiene una longitud de 1.190 km. Sus aguas bañan la región peruana de Madre de Dios, el departamento boliviano de Pando y los estados brasileños de Acre y Amazonas. Su mayores afluentes son los ríos brasileños del río Antimari, río Xumarí y el río Branco.

El río Caquetá (llamado Japurá en Brasil), es un largo río amazónico de 2.280 km de longitud, que discurre por Colombia y Brasil y que drena una gran cuenca de 267.730 km² (mayor que países como Nueva Zelanda, Gabón o Guinea).El río Caquetá nace en el macizo Colombiano, en el páramo del Letrero (Parque Nacional Natural Puracé), en el departamento del Cauca, a unos 2,5 km del nacimiento de otro importante río colombiano que desagua en el mar Caribe, el río Magdalena. En su curso alto el Caquetá discurre en dirección sur, atravesando la parte sur del departamento del Cauca y bañando las ciudades de Santa Rosa y Puerto Limón, próxima a Mocoa, y formando la frontera natural entre Cauca y el departamento del Putumayo.

El río Yuruá es uno de los mayores afluentes del río Amazonas, que nace en el Perú y baña los estados brasileños de Acre y Amazonas. Tiene una longitud de 3.350 km, que lo convierten en uno de los 30 mayores rios del mundo por longitud. El río Juruá nace en las tierras altas peruanas del rio Ucayali, al sureste de Puerto Portillo. Es el segundo mayor afluente del Amazonas, con el Purus, que drena la cuenca sur del Amazonas. Como este último, su curso es lento y serpenteante, discurriendo a través de una selva en parte sumergida.

El río Jutaí es un largo río amazónico brasileño, un afluente del río Solimoes, que baña el estado de Amazonas. Tiene una longitud de 1.050 km. El río Jutaí es un río de aguas blancas, que nace al sur del territorio indígena del Vale do Javari. Discurre en dirección noreste, en un curso paralelo al río Jandiatuba, al Oeste, y al del río Juruá, el Este. En su curso medio bordea por el oeste el territorio indígena Rio Bia y en la parte baja, la Reserva Ecológica Jutaí-Solimões.

El río Putumayo, en Brasil, es un largo río amazónico que nace en el Nudo de los Pastos, en Colombia, y desemboca en el río Solimões (nombre del curso medio del río Amazonas), en Brasil, tras formar frontera en gran parte de su recorrido entre Colombia, Perú y Ecuador. Tiene una longitud de 1.813 km y drena una cuenca de 148.000 km², similar a países como Nepal, Grecia o Nicaragua. Tiene como principales afluentes los ríos Guamúez (140 km), San Miguel (240 km) e Igara Paraná (440 km). Es una importante vía de transporte fluvial, ya que es navegable casi en todo su recorrido.

El rio Huallaga es un largo rio del Perú, un afluente del rio Marañón, parte por tanto de la cuenca superior del rio Amazonas. Tiene una longitud de 1.138 km. Ya en el departamento de Huánuco, se dirige casi siempre en dirección general norte,por un importante valle interandino entre la provincia de Ambo y Santa Maria del Valle. Alcanza la capital Ambo, a partir de donde le acompañará por el valle la Carretera Central 3N. Sigue descendiendo, pasando por Tomayquichua y Huánuco, la capital departamental, ya a 1900 msnm(120.000 hab. en 2005).Vira el rio hacia el este, acompañado por la carretera 18A que pronto le abandonará, en Santa Maria del Valle, para cruzar los puertos de la cordillera.

El río Apurímac es uno de los principales ríos del Perú, un afluente del río Ene que es parte del curso superior del río Ucayali, y en cuya cuenca nace la fuente más lejana del río Amazonas, en las laderas del Nevado Mismi, a 5.597 m. El río Apurímac nace en la cordillera de los Andes, entre Cuzco y Arequipa, a 650 km al sureste de Lima y 160 km al oeste del lago Titicaca. El río, que atraviesa las regiones de Cuzco y Ayacucho pasa a llamarse rio Ene a partir de su confluencia con el rio Mantaro. Durante gran parte de sus 700 km de recorrido, fluye a través de estrechos cañones y su trayecto es interrumpido por cascadas y rápidos.,

El río Ene es un río del Perú que constituye la parte superior del curso del río Ucayali, y, por tanto, parte también del curso principal del río Amazonas. Discurre por la vertiente oriental de los Andes peruanos, en la parte sur del país.Este río se forma por la confluencia del río Mantaro y el río Apurímac a unos 400 m de altitud, el punto donde se unen los departamentos de Junín, Cusco y AyacuchoEl río Ene confluye con el río Perené en el pueblo de Puerto Prado, a 295 m para formar el río Tambo. Luego, río abajo, sus aguas forman parte del río Ucayali (al unirse luego al río Urubamba) y más abajo, del río Marañón y finalmente forman parte del río Amazonas en territorio peruano.