El río Vaupés (rio Uaupés) es un largo río amazónico, uno de los principales afluentes del río Negro, a su vez el afluente más caudaloso del río Amazonas. El río discurre por Colombia en los departamentos de Guaviare y Vaupés y por Brasil en el estado de Amazonas. Tiene una longitud total de 1.050 km.El río Vaupés nace en el departamento de Guaviare, al oeste de la localidad de Calamar en la confluencia del río Itilla y el río Unilla. Discurre en dirección este, bañando las localidades de Miraflores, Puerto Silvania, Santa Rosa, Tucuña, Mitú (la capital del departamento de Vaupés) y, tras recibir al río Cuquiari por la derecha, Querani, ya en la frontera con Brasil, donde recibe al río del mismo nombre, río Querari.